Posteriormente comenzó su primera expedición hacia el gran Chaco, en la que llegó hasta Puerto Casado.

En este lugar tuvo su primer contacto con los grupos indígenas guaná y zanapaná.

En 1901, Boggiani regresa a Italia y en agosto de ese año parte hacia Puerto Casado para iniciar su última expedición en el Gran Chaco.

El explorador había registrado con su cámara las tribus angaites, leguas, sanapanás, caduveos, tobas, payaguás, bororo y chamacocos.

Para estos pueblos las fotos representaban un verdadero peligro, pues en ese acto se "robaba" el alma o la voluntad del sujeto, que a partir de ese momento quedaba en posesión del fotógrafo.

Su mejor libro: "I Caduvei (Mbayá o Guaicurú)-Viaggio dun artista nellAmerica Meridionale".

Su obra pudo ser salvada gracias al explorador y botánico checo Alberto Vojtěch Frič (1882-1944), que llegó al Paraguay pocos años después y pudo recuperar todas sus pertenencias.

Yo, Guido Boggiani, El Blanco Indio, Eric Courthès, Asunción, FONDEC, Servilibro, 2017, http://www.servilibro.com.py/producto/yo-guido-boggiani-el-blanco-indio/ Guido Boggiani, entre la memoria y el olvido, Julio Rafael Contreras, Asunción, Editorial Arandurá, 2010