Durante la última mitad del siglo XVI, algunos daimyō se volvieron tan poderosos e influyentes que podían manipular al shogunato a su conveniencia o incluso deponerlo.En 1565, la alianza entre el clan Matsunaga y el clan Miyoshi intentó asesinar a Ashikaga Yoshiteru pero una serie de disputas internas postergó su intento, hasta que en 1568 instalaron en el shogunato a Ashikaga Yoshihide sin embargo, fallaron en llegar hasta Kioto y obtener el respaldo y legitimación de la corte imperial por lo que un grupo de sirvientes del shogunato liderados por Hosokawa Fujitaka negociaron con Nobunaga el apoyo al hermano menor de Yoshiteru, Ashikaga Yoshiaki.Nobunaga procedió a afianzar su control en la zona Kinai donde todos sus enemigos como daimyō rivales, mercaderes hostiles o monjes budistas intransigentes fueron eliminados rápidamente y sin piedad, por lo que Nobunaga se ganó la reputación de ser un adversario inmisericorde.Junto con sus estrategias políticas y militares, llevó a cabo una reforma económica que erradicaba las barreras del comercio invalidando antiguos monopolios centralizados por templos y gremios, promoviendo el libre comercio conocido como rakuichi-rakuza.Contando con el apoyo de otros generales, Sanpōshi fue nombrado heredero y Hideyoshi como su coguardián.Los daimyō restantes pronto capitularon y la reunificación militar de Japón quedó completa por fin.Hideyoshi consideró que para mantener su posición necesitaba re ordenar los dominios de los daimyō.Mientras que Japón aun disfrutaba de exitosas batallas en tierra firme en Corea, los almirantes coreanos Won Gyun y Yi Eok-gi fueron muertos por la naval japonesa, por lo que el emperador chino envió al almirante Chen Lin para apoyar a los coreanos.El almirante coreano Yi Sun-sin tuvo éxito en atacar los barcos japoneses que cargaban suministros y cortaron las líneas de suministro existentes lo que llevó a conversaciones de paz entre China y Japón.Ishida Mitsunari acusó a Ieyasu de traición al nombre Toyotomi precipitando la crisis que culminaría en la Batalla de Sekigahara, considerada como la última gran guerra del periodo Azuchi-Momoyama y el Período Sengoku.Tres años después Ieyasu recibió el título de shōgun y estableció el shogunato Edo, el cual duró hasta la Restauración Meiji en 1868.Hideyoshi siempre desconfió del cristianismo, el cual consideró potencialmente subversivo e incluso varios misioneros fueron crucificados durante su régimen.Las contrastantes personalidades de los tres líderes que contribuyeron a la unificación de Japón —Nobunaga, Hideyoshi e Ieyasu— son reflejadas en una serie de famosos senryū: Nobunaga conocido por su rudeza es el sujeto del primero; Hideyoshi conocido por sus recursos, es el sujeto del segundo; Ieyasu, conocido por su perseverancia es el sujeto del tercer verso.
