Ocupa un área de 670 km², siendo también el más antiguo del país.

El lago recibe más de 400 pequeños afluentes (arroyos y arroyuelos) que proceden en gran parte de la pequeña cordillera que lo bordea al este —los Montes Suzuka—; y vierte principalmente sus aguas por los ríos Seta y Yodo que le sirven de desaguadero.

En este lago se pueden distinguir dos sectores bien diferenciados: su parte sur, que es mucho menor que la norte, es somera (poco profunda) y actualmente en ella abundan por eutrofización (debido a los vertidos humanos desde las ciudades vecinas a esa zona) las algas; mientras que su parte norte es profunda ya que en ciertos puntos supera los 100 metros de profundidad.

El lago Biwa es considerado el tercero más antiguo existente en el planeta Tierra (después del lago Baikal y del Tanganica), existiendo desde hace 4 millones de años.

Tal lapso de tiempo ha permitido que se formaran y desarrollaran particulares ecosistemas.