Después de adquirir su estatus legal en 1989 el PLIUN fue invitado, junto con otros 21 partidos opositores al FSLN, al diálogo nacional y se firmaron los Acuerdos de Managua que contemplaban la celebración de un proceso electoral democrático y la desmovilización de la Contra (guerrilla opuesta al FSLN desde 1980 mediante una guerra civil apoyada por Estados Unidos contra el Ejército Popular Sandinista (EPS) financiado por la Unión Soviética y Cuba interesados en la expansión del comunismo).
Rodolfo Robelo Herrera y Lombardo Martínez Cabezas fueron los candidatos al partido a la presidencia y vicepresidencia, respectivamente que corrió en la casilla 3 de las 3 boletas para elegir al presidente y vicepresidente, representantes a la Asamblea Nacional de Nicaragua (desde 1995 se les llama diputados) y concejales.
Esas elecciones las ganaron Violeta Chamorro y Virgilio Godoy Reyes, candidatos de la alianza Unión Nacional Opositora (UNO) a la presidencia y vicepresidencia, respectivamente, con el 54% de los votos (777,522), el FSLN tuvo el 40% (579,886), el Movimiento de Unidad Revolucionaria (MUR) 1.10% (16,751) y el resto los otros partidos 1.9%, o sea 28,816.
El PLIUN no obtuvo ningún representante a la Asamblea Nacional; en las elecciones del 20 de octubre de 1996 el Partido Liberal Independiente de Unidad Nacional formó parte de la Alianza Liberal (AL), encabezada por el Partido Liberal Constitucionalista (PLC), junto con el Partido Liberal Nacionalista (PLN, el mismo de la familia Somoza que gobernó el país hasta 1979) y la Alianza Conservadora (ALCON).
Esas elecciones las ganaron los candidatos de la AL Arnoldo Alemán y Enrique Bolaños Geyer a la presidencia y vicepresidencia, respectivamente.