Pero la unión del autonomismo no dura mucho y a finales de año se divide internamente en cuatro partes.

El sector que agrupaba a la mayor parte del viejo autonomismo alsinista encabezado por Dardo Rocha, y que incluía a Carlos Casares, Antonino Cambaceres, Torcuato de Alvear y otros, deciden lanzar la candidatura de Julio Argentino Roca.

Con el correr del año 1879 los autonomistas fueron cerrando filas en torno al apoyo de la candidatura de Roca, que ya era apoyada por Avellaneda, y los autonomistas ex republicanos y los puros decidieron sostener también a Roca.

El cuerpo lo eligió presidente de la República triunfando en todas las provincias excepto Buenos Aires y Corrientes, donde se declaró ganador a Tejedor.

Avellaneda intervino la provincia y disolvió a todas las milicias provinciales de Buenos Aires.

Debido a que los diputados liberales habían resuelto quedarse en Buenos Aires cuando el presidente Avellaneda mudó provisoriamente la capital a Belgrano por la revolución fueron cesados de sus cargos y por tal motivo el Partido Liberal decidió la abstención electoral por tiempo indefinido, lo que provocó que durante la época de la presidencia de Roca este quedara prácticamente disuelto.

En otro plano, Mitre reiteraba la queja por la falta de libertad para la expresión del voto en las provincias.

Esto produjo la segregación de los llamados "liberales evolucionistas" como Norberto Quirno Costa, Luis María Drago, Juan Agustín García, Salustiano J. Zavalía, Estanislao Zeballos y José Antonio Terry, que se incorporarían al grupo juarista, mientras otro grupo se adhería al movimiento a favor de Dardo Rocha.

La alianza opositora fue llamada Partidos Unidos y fueron elegidos como presidentes honorarios de la misma el general Mitre, Bernardo de Irigoyen, Dardo Rocha, Benjamín Gorostiaga, Domingo Faustino Sarmiento, Luis Sáenz Peña y Vicente Fidel López.

En la provincia de Buenos Aires proclamaron también una lista prestigiosa de candidatos a diputados nacionales, integrada por José Manuel Estrada, Lucio V. Mansilla, Juan Carballido, Santiago Luro, Teodoro García, Pedro Goyena, Roberto Cano y Epifanio Portela.