Fue bautizado en la iglesia de San Nicolás, que estaba donde hoy está el Obelisco.

Según el genealogista Narciso Binayán Carmona; era descendiente del conquistador, explorador y colonizador español Domingo Martínez de Irala (1509-1556); sus antepasados tenían un remoto origen mestizo guaraní.

Sarmiento dejó Chile para Europa a fines de 1845 y la Legación fue retirada al año siguiente.

Sarmiento regresó a Chile en 1848 e Irigoyen permaneció en Mendoza hasta fines de 1850.

También en Mendoza, se casó con Carmen Olascoaga, hermana del coronel Manuel José Olascoaga, el 12 de octubre de 1850, con la cual tuvo 8 hijos: María del Carmen (nacida en Mendoza), Bernardo, Elena Juana, Manuel José Fermín, Fermín Francisco, Mercedes Adela, Carlos Alfredo Doroteo e Irene Alcira Irigoyen.

Hasta 1857 se dedicó a negocios agropecuarios, comerciales e industriales en las provincias de Santa Fe y Buenos Aires, principalmente la explotación ovina.

En consecuencia nombró canciller a Félix Frías, entonces jefe de la Legación argentina en Chile.

Remitió auxilios a los indios residentes al Sur de dicho río para que acatasen la autoridad del Gobierno nacional.

Apoyó los viajes del Perito Moreno y las primeras expediciones científicas desde la época colonial.

Cuando estallaron movimientos revolucionarios en Mendoza y San Juan, Irigoyen los reprimió decididamente.

Al aproximarse la apertura del Congreso el Gobierno debía hacer pública una posición clara.

Irigoyen no acompañó al Presidente opinando que los poderes nacionales carecían de facultades para examinar las elecciones provinciales y pronunciarse sobre su validez o nulidad.

Ante la imposibilidad de conciliar ambas posiciones Irigoyen le hizo llegar su renuncia.

En 1878 Irigoyen fue elegido vicepresidente del comité patriótico formado para sostener los derechos frente a Chile.

El 21 se realizó la sesión preparatoria de la legislatura, que presidió Irigoyen.

El Gobierno uruguayo protestó por estos actos, produciéndose por ellos un momento de suma gravedad.

Inauguró en esa campaña un estilo diferente de hacer política, utilizando el ferrocarril para viajar a Córdoba, Santiago del Estero, Tucumán, Salta, Jujuy.

El vicepresidente Francisco Madero lo acompañó hasta Belgrano, junto con el general Benjamín Victorica, los senadores Rafael Igarzabal y Gregorio Santillán, Torcuato de Alvear, Manuel Quintana, Mariano Unzué, Diego Baudrix y Diógenes Urquiza.

En Tucumán subieron al tren Vicente Gallo, Juan Posse y Manuel Paz.

Ese día nació la Unión Cívica, nuevo partido político que congregaba a toda la oposición al gobierno de Juárez Celman y que estaba formado por figuras como Bartolomé Mitre, Leandro Alem, Aristóbulo del Valle, Vicente Fidel López, y otros hombres.

La derrota militar, sin embargo, no impidió que Juárez Celman se viera obligado a renunciar.

“... que la elección vuelva a ser un atributo privativo del pueblo y no una función de los gobiernos...

Los restantes, entre los que se cuentan Alem, don Bernardo, Martín M. Torino, Marcelo T. de Alvear, Aristóbulo del Valle, Hipólito Yrigoyen, Mariano Demaría, Virgilio M. Tedín, Mariano Espina, Belisario Roldán, Lisandro de La Torre, dan nacimiento a la Unión Cívica Radical.

Simultáneamente se reunió en el Teatro Onrubia la convención de los contrarios al acuerdo.

Costa, proclamó la fórmula Roque Sáenz Peña y Juan D. Pizarro, llamada “de los modernistas”.

El primer acto de Irigoyen como senador fue solicitar una interpelación al ministro del Interior Manuel Quintana sobre las intervenciones federales a varias provincias y el estado de sitio.

También se sumaba la oposición del propio vicegobernador Demarchi, aliado al sector hipolista.

Irigoyen tuvo que superar problemas políticos y administrativos difíciles, anulación de elecciones, dos intervenciones a la legislatura provincial.

La legislatura provincial eligió a Irigoyen para completar el mandato, cargo que ocupó hasta su muerte.

Actualmente dos localidades en las provincias de Santa Fe y Misiones llevan su nombre[cita requerida]