El templo de San Sebastián fue dañados por nuevos sismos en la segunda mitad del siglo xix y fue definitivamente abandonado en 1874.[1] El teólogo Antonio Vázquez de Espinosa, hace referencia a esta parroquia en su obra Compendio y descripción de las Indias Occidentales de 1620: «Demás de la iglesia catedral, donde hay dos curas que administran los Santos Sacramentos por ser la ciudad tan grande y extendida, y no poder acudir a toda, hay otra iglesia parroquial de San Sebastián, que tiene su cura que administra los Santos Sacramentos a sus feligreses».[10] En 1804, el arzobispo Peñalver y Cárdenas decidió crear la parroquia de El Señor San José en Antigua Guatemala, la cual incorporó a tres parroquias provisionales que funcionaban en las antiguas iglesias de Candelaria, San Sebastián y Los Remedios.[11] Los retablos que tiene esta nueva parroquia no son los originales de la catedral: fueron elaborados en 1856.[12][a] En 1874, nuevos estragos provocaron que el templo fuese abandonado.[13] No solamente se destruyó completamente el pueblo de Parramos,[14] [15] sino que bandas de forajidos armados con cuchillos y otras armas punzocortantes intentaron asaltar a los damnificados y robarles lo poco que les quedaba; afortunadamente, las bandas fueron capturadas por la policía del gobierno del general Justo Rufino Barrios y ejecutadas sumariamente.[13] Otro testigo indicó que el pueblo de San Miguel Dueñas quedó totalmente destruido, y quienes lograron sobrevivir salieron huyendo buscando áreas más seguras.En total, hubo US$300,000 en pérdidas; los poblados afectados aparte de Antigua Guatemala, Dueñas, Parramos y Patzicía, fueron Jocotenango, San Pedro Sacatepéquez, Ciudad Vieja y Amatitlán.[18] Los templos rurales compitieron con las edificaciones católicas no solo por su estilo clásico y su evocación a una religión pagana, sino porque hasta ese momento las iglesias eran los edificios más altos en todas las localidades; los nuevos templos fueron erigidos en colinas, para simular la Acrópolis de Atenas.
