Tradicionalmente se consideraba que las tortugas pertenecían a este clado, sin embargo los estudios moleculares recientes los sitúan dentro de los diapsidos y en un clado Pantestudines estando este último más estrechamente emparentado con los arcosaurios (aves, cocodrilos, dinosaurios).
Sin embargo, ellos no se sentían muy seguros acerca de erigir a Parareptilia como un taxón formal.
Su cladograma es como sigue: Synapsida Mesosauridae Procolophonidae Millerettidae Pareiasauria Captorhinidae Testudines Protorothyrididae Diapsida Laurin y Reisz en 1995 presentaron un cladograma diferente, en el cual Reptilia se divide en Parareptilia (ahora como taxón formal) y en Eureptilia.
Synapsida † Millerettidae † Eunotosaurus † Lanthanosuchoidea † Procolophonoidea † Pareiasauromorpha † Captorhinidae † Paleothyris † Araeoscelidia † Claudiosaurus † Younginiformes Lepidosauromorpha † Choristodera † Trilophosaurus † Rhynchosauria Archosauriformes † Eosauropterygia † Placodontia † Sinosaurosphargis † Odontochelys † Proganochelys Testudines Cladograma según Rainer Schoch y Hans-Dieter Sues en 2015 pero difiere un poco del anterior en lo siguiente:[3] Archosauromorpha Kuehneosauridae† Squamata Rhynchocephalia Eosauropterygia† Sinosaurosphargis† Placodontia† Eunotosaurus† Pappochelys Odontochelys† Proganochelys† Testudines
Cladograma según Juan Carlos Cisneros y colaboradores en 2021:[4] Mesosauridae Millerettidae Bolosauridae Australothyris Microleter Nyctiphruretidae Procolophonoidea Paraeisauria Lantahanosuchus Nycteroleteridae Acleistorhinidae