Anapsida

Los análisis fósiles recientes han sugerido que las tortugas y los cotilosaurios no tendrían ninguna relación con los otros grupos.

[4]​[5]​ La mayoría de los saurópsidos con cráneos anápsidos se extinguieron durante la extinción masiva del Pérmico-Triásico; solo sobrevivieron los Procolophonidae, hoy también extintos.

[7]​ Estudios moleculares recientes sitúan a las tortugas y pantestudines como un grupo hermano de los arcosaurios, ya que fue probado usando varios métodos moleculares como elementos ultraconservados, secuencia de ADN, ADN mitocondrial, micro ARN y proteínas, sin embargo otros estudios basados en similitudes anatómicas los sitúan como cercanos a los lepidosaurios.

[8]​ Estudios morfológicos recientes han determinado que las tortugas y los arcosaurios comparten la presencia de dos sinapomorfías fuertes: una cresta sagital en el supraoccipital y la ausencia de un foramen entepicondilar humeral, esta última característica a menudo se usa para identificar arcosauromorfos.

[10]​ Aunque los procolofónidos lograron sobrevivir hasta el Triásico, la mayoría de los otros reptiles con cráneos anápsidos, incluidos los milleretidos, nictéroleteridos y pareiasaurios, se extinguieron durante la extinción masiva del Pérmico-Triásico.