La iglesia original fue constantemente modificada, de tal modo que en la actualidad nada resta de la original.

Las obras duraron tanto tiempo que dio lugar a la expresión popular "obras de Santa Engrácia" para designar algo que nunca se acaba.

El interior está pavimentado con mármol coloreado y coronado por un cimborrio gigante.

Entre los personajes ilustres que están sepultados, encontramos sobre todo presidentes de la República Portuguesa y escritores.

Las excepciones son la fadista Amália Rodrigues, cuyos restos mortales fueron trasladados tras el cambio en las disposiciones legales que solo permitían su traslado al panteón nacional una vez pasados cuatro años tras su fallecimiento, y Humberto Delgado.