Como 2.º virrey de la India portuguesa expandió y consolidó con una administración ejemplar las posesiones coloniales en Oriente.En 1503, con tres naves cada uno, parte a la India con su primo Francisco de Albuquerque, participando en varias batallas y estableciendo relaciones con Colombo.Conquistó Socotora, Curiati (Kuryat), Sohar, Khor Fakkan, Kalhat, Mascate (Omán), Hormuz (Golfo Pérsico), Ceilán y Malaca, con lo que consiguió someter a numerosas islas malayas, entre ellas Java y Sumatra.[7] Cuando el nuevo rey Manuel I de Portugal accedió al trono, mostró cierta reticencia hacia Afonso de Albuquerque, íntimo del temido João II y diecisiete años más viejo.Participaron en varias batallas contra Calicut, donde pudieron garantizar la seguridad en el trono al rajá de Cochín.A cambio de sus servicios recibieron permiso para construir una fortaleza portuguesa en Cochín[10] que sería el primer asentamiento europeo en la India y el punto de partida para la expansión del imperio en Oriente y las relaciones comerciales con Coulão.[16] Desde Malindi, Tristão da Cunha envió una expedición portuguesa a Etiopía, que entonces se creía pensaba estaba más próxima.La misión incluyó al padre João Gomes, João Sanches y al tunecino Sid Mohammed (sin conseguir atravesar por Malindi regresarían a Socotora, en donde Afonso de Albuquerque consiguió desembarcarlos en Filuk, puerto del cabo Guardafui).Volvió a Socotora, donde encontró la guarnición portuguesa pasando hambre, y para reabastecer ese asentamiento asaltó navíos musulmanes en la ciudad de Kālhāt (Baréin).Su victoria fue determinante: otomanos y mamelucos egipcios abandonaron las aguas del Índico, asegurando el dominio portugués durante más de 100 años.Para salvarle, Afonso de Albuquerque sufrió graves daños y tuvo que retirarse.Así cumplió otra misión del reino,[35] que no pretendía ser visto como eterno «hóspede» de Cochín, y codiciaba Goa por ser el mejor puerto comercial de la región, que almacenaba caballos árabes para los sultanatos del Decán.Cuando llegaron nuevos navíos del reino se destinaban apenas a Malaca, bajo el mando del fidalgo Diogo Mendes de Vasconcelos, quien había sido dado el mando rival de la región.Albuquerque se la mostró a Diogo Mendes de Vasconcelos, como argumento para armar una flota conjunta.Era la ciudad más rica que los portugueses intentaban tomar, punto más importante al este de la red, donde se encontraban mercaderes malayos, gujarates, chinos, japoneses, javaneses, bengalíes, persas y árabes, entre otros, un comercio descrito por el botánico Tomé Pires (ca. 1465-ca.Albuquerque avanzó con arrojo los navíos sobre la ciudad, ornamentados con pendones y disparando salvas de cañón.El 25 de julio los portugueses desembarcaron al amanecer en una lucha reñida, en la que fueron atacados con flechas envenenadas, y al atardecer tomaron el puente, aguardando la reacción del sultán, mas retrocedieron a los navíos.Se les dieron banderas para marcar sus tiendas, una señal de que no serían saqueadas.Luego Albuquerque mandó grabar una gran lápida con los nombres de los principales participantes en la conquista.Como se generó una gran discusión sobre el orden en que deberían aparecer, Albuquerque la mandó asentar vuelta para la pared, apenas con una inscripción «Lapidem quem reprobaverunt aedificantes» («la lápida que reprobaron los constructores», en latín de la profecía de David, Salmos 118:22-23) en el frente.[44] En Malaca, Albuquerque estableció la administración portuguesa, nombrando a Rui de Araújo factor y designando a Nina Chatu para sustituir al anterior bendahara, como representante de la población kafir y consejero.[45] Al mismo tiempo, prendió y ejecutó sin piedad al poderoso mercader javanés Utimuta Raja, a quien había dado el cargo de representante de la población javanesa, pero que mantuvo contactos con la familia real en el exilio.Poco después, Albuquerque envió a Rafael Perestrello al sur de la China, procurando establecer relaciones comerciales con la dinastía Ming.En cuanto se ausentó de Malaca, los portugueses que se opusieron a la toma de Goa había renunciado a la posesión, incluso escribiendo al rey diciendo que sería mejor dejarla.Determinado a recuperar la fortaleza, preparó trincheras y el derrumbe de la muralla, pero en la mañana del ataque planeado, Rasul Khan se rindió.Rasul Khan aceptó, a condición de que sus vidas fuesen perdonadas, abandonando Goa.La árida isla de Socotora se reveló ineficaz para controlar la entrada del mar Rojo y fue abandonada.Albuquerque intentó llegar a Yeda, mas los vientos fueron desfavorables y en mayo se recogió en la isla de Kamaran, hasta que la enfermedad y la falta de agua potable les obligaron a partir.En 1514, atacó las Islas Comoras; el regente musulmán escapó milagrosamente escondido en un volcán donde no fue encontrado por los portugueses.[59] En 1513, después de regresar del mar Rojo, ya en Cananor, Albuquerque fue visitado por un embajador del sah Ismail I Safávida de Persia, que envió embajadores a Gujarat, Ormuz y Bijapur.
