A este segundo palacio pertenecen la mayoría de los restos arqueológicos conservados.Tras otra destrucción que tuvo lugar en torno a 1450 a C. fue el único de los grandes palacios cretenses que fue reconstruido y allí se establecieron los micénicos, hasta su destrucción final hacia 1380 a. C. Posteriormente algunas de sus estancias fueron reutilizadas para convertirse en viviendas particulares y almacenes.[1] Las primeras excavaciones que redescubrieron el ala oeste del palacio de Cnosos fueron realizadas en 1878 por el griego Minos Kalokairinós, pero fue Arthur Evans quien, desde el año 1900, dirigió las excavaciones del palacio a gran escala, especialmente hasta 1902, aunque también realizó investigaciones adicionales en años posteriores hasta 1931.Tras la Segunda Guerra Mundial, las excavaciones en el palacio fueron dirigidas por la Escuela Británica de Atenas.Estas reconstrucciones han sido motivo de controversia, dado que no son reversibles.En esta zona se encontraba el acceso principal del palacio, conocido como «propileo occidental».Un pasillo estrecho que va de norte a sur separa en dos partes el ala oeste del palacio.Tanto la antecámara como el salón tenían bancos de piedra corridos que podrían haber ocupado en torno a treinta personas.[8] Enfrente del trono, a un nivel inferior y separado por columnas y un banco, se halla un espacio conocido como baño lustral, que tal vez sirviera para algún ritual de purificación pero su función no está clara porque no tenía desagüe.[6] El ala este, que era el área residencial del palacio, probablemente constara de cuatro pisos, dos de ellos a nivel inferior al patio central, uno al mismo nivel del patio y otro piso superior.Una gran escalera —que se ha considerado como una obra maestra de la arquitectura minoica—, iluminada por una claraboya, llevaba a las cámaras reales.[13] Junto a esta entrada, en la parte exterior de los muros del palacio se construyó un santuario.En esta área se encontró el fresco del «recolector de azafrán»[6] y otro fresco que probablemente representara un banquete ceremonial del que formaba parte la figura conocida como «la parisienne».[6] También en la zona norte está el área teatral, al aire libre, donde las gradas forman una L, y cuya función no está del todo clara, aunque podría ser albergar algún tipo de ceremonia, reunión o espectáculo.Algunos autores, entre los que está Evans, las sitúan hacia 1400 a. C. y otros, como Leonard Robert Palmer, en torno al 1200 a. C. Por otra parte, un estudio de Jan Driessen identifica diferentes niveles de destrucción relacionados con las tablillas.
