El Protocolo nombró a Justo José de Urquiza para dirigir las Relaciones Exteriores de la República, hasta tanto que, reunido el Congreso Nacional, se estableciera definitivamente a quién correspondería ocupar el cargo.Diversos autores creen que el texto definitivo del Acuerdo fue propuesto por Juan Gregorio Pujol, secretario de Urquiza en esta oportunidad.Además se opuso a que un caudillo del interior —como lo era Urquiza— fuera nombrado Director Provisorio de la Confederación Argentina.Tampoco aceptaba que las provincias aportaran un porcentaje de lo recaudado por su comercio exterior al mantenimiento del gobierno, porque, de ese modo, Buenos Aires sería la provincia que más aportaría.Las discusiones durante las jornadas de junio llevaron al rechazo del Acuerdo por la Legislatura porteña.
