Rechazado por los caudillos menores de la provincia, especialmente por Lucas Llanos, renunció al mando, dejando a este en el gobierno.

[1]​ Durante los años siguientes, varios caudillos se disputaron la provincia, que sólo había logrado cierta estabilidad en la época de Facundo Quiroga; el coronel Hipólito Tello fue derrotado y reemplazado en el gobierno por Vicente Mota con la ayuda de Ángel Vicente Peñaloza, que había regresado a la provincia tras sus andanzas con la Coalición unitaria.

Este último dirigió una revolución en marzo de 1848, por la cual llegó al gobierno Manuel Bustos.

[2]​ A diferencia de sus antecesores, tuvo la fuerza suficiente para derrotar las continuas rebeliones que se alzaban en su contra, afirmándose unas veces en el "Chacho" Peñaloza y otras veces contra él.

[3]​ Se manifestó cada vez más afín a la política del Estado de Buenos Aires y se negó a colaborar con el general Peñaloza en la organización de las milicias provinciales para la lucha contra el estado secesionista.

El Chacho regresó a su provincia, donde fue perseguido por sus enemigos y derrotados en sucesivas batallas; la rapidez de movimientos y la superioridad numérica de los hombres del Chacho nada pudieron hacer contra los fusiles importados que llevaban las tropas porteñas.

Sus fuerzas se dispersaron rápidamente, y la guerra civil tuvo unos años de descanso.

[4]​ Lograda la paz, Bustos promulgó el último presupuesto provincial que había podido ser sancionado —el de 1860— y manejó las cuentas de acuerdo al mismo; debió recurrir frecuentemente a los auxilios financieros del gobierno del presidente Bartolomé Mitre y a la deuda pública.