Fue alumno de Clemens Krauss en el Mozarteum en Salzburgo, y comenzó su carrera durante la Segunda Guerra Mundial.
Actuó en conciertos como pianista, tocando en varios lugares, entre ellos Viena, Roma, Mónaco, Alemania y Suiza.
Suitner no dirige únicamente en casi todos los países europeos, especialmente en Suecia, Italia, Suiza y la Opera de Viena, sino también en los Estados Unidos (San Francisco Opera), América Latina y Japón.
Otmar Suitner estaba muy apegado al compositor Paul Dessau, del que lleva a cabo el estreno mundial de Puntila (1966), Einstein (1974) y Leonce und Lena (1979) en la Deutschen Staatsoper de Berlín.
Por lo tanto, su vida se convirtió en un ir y venir continuo entre las dos partes de Berlín, ya que podía cruzar la frontera sin problemas gracias a su pasaporte austríaco.
En el Documental Nach der Musik su hijo Igor Heitzmann, director ahora famoso, cuenta la historia del acercamiento a su padre, la desaparición República Democrática Alemana y la historia de la vida inusual de sus padres.
Era un gran especialista en la música de Mozart, Dvorak, Wagner y Richard Strauss.
Su trabajo en la RDA le perjudicó para desarrollar una gran carrera internacional, siendo un director injustamente infravalorado, excepto en Japón.