Su pretexto fueron las supuestas necesidades sufridas por las poblaciones germanas que habitaban las regiones fronterizas con Checoslovaquia en el norte y oeste, conocidas como los Sudetes.

Si se accedía a las demandas de Henlein, los Sudetes podrían entonces alinearse con la Alemania nazi.

El gobierno francés, que no deseaba hacer frente a la Alemania nazi en solitario, siguió el ejemplo del gobierno británico y de su primer ministro Neville Chamberlain.

El 28 de septiembre, Chamberlain hizo un llamamiento a Hitler para una conferencia.

Una comisión internacional que representaba a Alemania, el Reino Unido, Francia, Italia y Checoslovaquia supervisaría un plebiscito para determinar la frontera final.

El Reino Unido y Francia se comprometieron a participar en una garantía internacional de las nuevas fronteras contra la agresión no provocada.

Esto significa que los Sudetes era la mayor región "pro-nazi" durante el Tercer Reich.

La República Checoslovaca, muy debilitada, se vio obligada a otorgar concesiones importantes.

En noviembre de 1938, Emil Hácha, que sucedió a Beneš, fue elegido presidente de la Segunda República federada, Checo-Eslovaquia formada por tres partes: Bohemia y Moravia, Eslovaquia, y Cárpatos-Ucrania.

Hitler, empeñado en la guerra contra Polonia, consideraba necesario eliminar Checoslovaquia en primer lugar.

Hácha sufrió un ataque cardíaco durante la reunión, y tuvo que ser atendido por el personal médico, para finalmente ceder y aceptar los términos de rendición de Hitler.

Luego, en la mañana del 15 de marzo, las tropas alemanas entraron en Bohemia y Moravia, sin encontrar resistencia.

Por lo tanto, la Checoslovaquia independiente, se derrumbó a raíz de la agresión extranjera y las tensiones internas.

Teniendo en cuenta que Checoslovaquia fue capaz de mantener una economía viable y un sistema político democrático en tales circunstancias fue realmente un logro notable durante el período de entreguerras.

Todo el acero y fábricas de productos químicos se trasladaron de Checoslovaquia y se volvieron a montar en Linz, Austria, que por cierto sigue siendo un sector muy industrializado del país.

La resistencia checa estaba compuesta por cuatro grupos principales: Miles de soldados checos combatieron junto a los británicos durante la guerra en áreas como el norte de África y Palestina.

[5]​ Los grupos democráticos —ON, PÚ y PVVZ— se unieron a principios de 1940 y formaron el Comité Central de la Resistencia Local (Ústřední výbor odboje domácího, ÚVOD).

En cooperación con las unidades partidistas del Ejército Rojo, la R3 desarrolló una estructura de guerrilla.

La Primera República se había comprometido a una política occidental en los asuntos exteriores.

El 8 de mayo de 1944, Benes firmó un acuerdo con los dirigentes soviéticos que se estipula que el territorio checoslovaco liberados por los ejércitos soviéticos se puso bajo control civil checoslovaco.

Al menos 144 000 soldados soviéticos dieron su vida por la liberación de Checoslovaquia.

La delegación fue para movilizar a la población local liberada para formar un ejército checoslovaco y para prepararse para las elecciones en cooperación con los comités nacionales de reciente creación.

[8]​ Sin embargo, el 15 de junio, Beneš llamó a las autoridades checoeslovacas al orden.

[11]​ Sin embargo, en algunos casos fue iniciada o ejecutada mediante la asistencia del ejército regular.

Un estimado de 800 000 fueron deportados a la zona soviética (que se convertiría en la República Democrática Alemana o Alemania del Este).

[cita requerida] El Acuerdo de Potsdam se refería sólo a los alemanes.

En febrero de 1946, el gobierno húngaro estuvo de acuerdo en que Checoslovaquia podría expatriar tantos húngaros como eslovacos en Hungría que desearan regresar a Checoslovaquia.

Como resultado, 89 660 personas fueron trasladadas de Checoslovaquia a Hungría, y 71 787 en la dirección opuesta, en 1948.

[cita requerida] Alrededor de 80 000 judíos checos fueron asesinados por los nazis alemanes durante la Segunda Guerra Mundial, en su mayoría en Theresienstadt.

En 2006, la República Checa instituyó el Día Conmemorativo del Holocausto, en donde los nombres de los judíos checos, que fueron víctimas del Holocausto, se leyeron públicamente durante cuatro horas en Praga.