Cuando su padre lo puso al tanto del plan se aterró de que se hubiese prestado a semejante aventura y que hubiera comprometido su nombre y su posición en el regimiento de tal manera.
Resolvieron delatar la conspiración, lo que su padre hizo el 26 de junio ante el general Manuel Corvalán.
El internado contaba con un escogido núcleo de profesores: los franceses Alejo Peyret (historia contemporánea), Luis de la Vergne (condiscípulo de Ferdinand de Lesseps, geometría) y Alfredo Du Pasquier (física), el coronel español Pedro Andreu y Seguí (geógrafo cosmógrafo), el belga Adolfo Tiberghien Ackermann (aritmética comercial e idioma francés), Jorge Clark (inglés), el pintor uruguayo Juan Manuel Blanes (dibujo), el vasco Doroteo Larrauri (música y canto), y Falconieri (esgrima).
En 1861 pasó a desempeñarse como jefe del estado mayor de Santa Fe.
Uno de sus hijos llevó también su nombre, Nicolás Martínez Fontes y combatió en la Guerra del Paraguay.