Además trajo grandes innovaciones tecnológicas, instaló industrias y experimentó con cultivos que no eran sudamericanos.

[4]​ Entabló, ya en Concepción del Uruguay, una relación con Josefa Auristela Caraballo, con quien tuvo sus dos primeros hijos: Nieves Emilia y Luis Alejo.

Evitó el servicio militar obligatorio pagándole a un sustituto para que lo reemplazara en éste.

Luego editó un "Almanaque Democrático de los Pirineos", considerado revolucionario por su contenido antimonárquico y anticlerical, por el que fue juzgado, pero fue absuelto.

[12]​ Trabajó como editor del periódico bisemanal El Uruguay, bajo la dirección de Benjamín Victorica.

[13]​ En ese periódico publicó las primeras traducciones al español de la obra del filósofo anarquista francés Pierre Joseph Proudhon, en particular, su Principio Federativo, pero también otras obras como su análisis sobre los bancos.

Peyret permaneció en Paraná hasta julio de 1857, "excepto por una interrupción de un mes (mayo-junio) que pasé en Uruguay (refiriéndose a Concepción del Uruguay) para ver a Euristela".

[17]​ Sus notas fueron traducidas al francés y recopiladas en un folleto titulado Emigration et Colonisation: La Colonie San José.

[18]​ Bajo su dirección, la colonia comenzó a cultivar maníes, papas, batatas, porotos, cebollas, remolachas azucareras, maíz y tabaco.

[27]​ En 1868 recibió el tercer grado y se convirtió en maestro masón.

[32]​ El prólogo fue publicado más adelante en La República en noviembre de ese mismo año.

[35]​ Peyret usó este argumento en respuesta a las acusaciones del cripto-Jordanismo.

Esta obra en occitano del Bearne fue traducida al francés y editada luego en París en 1890.

[45]​ El decano Andrés Lamas expresó su aprobación y se comunicó con Peyret.

[51]​ Escribió Historia Contemporánea,[52]​ libro de texto que sería usado en escuelas normales y en Colegios Nacionales.

Al mismo tiempo, publicó Historia de las Religiones, que comprendía una histórica y filosófica crítica de las religiones prehistóricas e históricas y también del Cristianismo.

[53]​ Como consecuencia de este puesto, escribió Una visita a las colonias de la República Argentina,[54]​ escrita en español en dos tomos y presentada por el gobierno en la Exposición Universal en París.

Recibió seis mil pesos para cubrir sus gastos y debía presentar un informe descriptivo antes del final de la Exposición.

Treinta y siete años pasaron desde que se autoimpuso el exilio a la Argentina.

«Fui anunciado como un delegado de la República Argentina, hubo un aplauso, pero sólo en el momento en que estaba abandonando la habitación».

[58]​ El 1 de abril de 1892 Peyret apuntó: «Me hubiera gustado haber tenido el dinero que gasté sin razón en Concepción del Uruguay y en la Colonia San José.

Si hubiera puesto ese dinero en el banco, hoy podría vivir de esos ahorros.

La Revista Masónica, un órgano independiente de la francmasonería internacional, publicó: «En memoria del Ilustre y Honorable Dr. Alejo Peyret: esta República y más directamente la francmasonería Argentina han perdido a uno de sus mayores pensadores, un apóstol incansable del liberalismo.

Por un decreto especial, la Argentina Oriental eligió al Poderoso y Honorable Francisco F. Fernández para hablar en nombre de la francmasonería nacional.