En 1864 fue el primer titular del juzgado federal de Paraná, cargo que ocupó durante siete años.

Durante toda la primera guerra jordanista, apoyó desde su juzgado la intervención militar del gobierno de Domingo Faustino Sarmiento a su provincia.

Pero la situación de la provincia bajo su gobierno fue vergonzosa: en las elecciones no podían participar los federales; ni siquiera se les permitió votar.

Continuó la persecución contra los federales que había comenzado con la invasión militar, desplazándolos de todos los puestos públicos, incluso a los maestros y curas.

Pronto, los federales – incluso los que no habían apoyado su primera rebelión – llamaron en su auxilio a López Jordán.

Fue el primer rector del Colegio Nacional de Paraná, cuya construcción había iniciado su gobierno.