Más tarde fue construido un edificio especial para albergar el museo entre 1904 y 1912.Aunque fue dañado durante la Segunda Guerra Mundial, la colección sobrevivió intacta y gracias a la labor del arqueólogo Nikolaos Platón volvió a ser accesible al público en 1952.El museo pasó por un nuevo periodo de renovación recientemente hasta que volvió a abrir sus puertas en el año 2014.Hay otra sala donde se presenta la repercusión de la cultura minoica tanto en la Antigüedad como en los tiempos recientes.Por otra parte, hay una colección de esculturas que abarcan desde el siglo VII a. C. hasta el siglo III a. C. y, en el jardín del museo, se conservan restos del monasterio de San Francisco, del periodo veneciano.En las dos siguientes salas se exhiben aspectos relacionados con el fortalecimiento del sistema palacial a través de la construcción de nuevos palacios y grandes villas o mansiones, así como el desarrollo del comercio marítimo.Por otra parte, hay una sala dedicada a las actividades de entretenimiento y la vida cotidiana del mundo minoico.También hay una sala dedicada íntegramente a las monedas de Creta y otra dedicada a las necrópolis de los periodos helenístico y romano.
