[2]​ Él mismo dijo haber llevado una vida licenciosa antes de su conversión, por lo que a partir del siglo XIX algunos le han comparado con don Juan Tenorio.

[13]​ Tomás fue hermano mayor de la Hermandad de San Pedro Mártir, constituida por familiares del Santo Oficio, y le correspondía llevar el estandarte del Santo Oficio en los actos públicos.

[15]​ Su padre, Tomás, obtuvo en 1633 licencia de Felipe IV para establecer un mayorazgo en la familia.

[19]​ Un amigo de la infancia, Manuel Velázquez, dijo de él que era: Sus hermanos mayores, Juan Antonio y Francisco, fallecieron en 1640, por lo que el mayorazgo establecido por su padre le correspondió a Miguel.

[29]​ Se planteó retirarse del mundo para llevar una vida religiosa con los cartujos, los franciscanos o los mercedarios.

Tras esto, Mañara decidió regresar a su palacio dándole gracias a Dios por todos los beneficios que le hacía y, posteriormente, supo que aquella noche le estaban esperando para matarlo.

[39]​[40]​ Cabe destacar que, en ese momento, no podía estar teniendo lugar ningún entierro.

En 1604 tuvo lugar un sínodo convocado por el arzobispo Fernando Niño de Guevara que disponía que a los muertos no se les podía enterrar de noche y esta normativa seguía vigente.

[40]​ Existen referencias a la Hermandad de la Santa Caridad desde mediados del siglo XV.

[42]​ Hay registros de la misma desde 1565, posiblemente por la incorporación del primer escribano a la hermandad.

[41]​ En 1588 la hermandad acordó instalarse en la Capilla de San Jorge, que se encontraba en las Atarazanas.

[43]​ Las obras quedaron paralizadas en 1658, cuando ya estaba levantada la nave principal y la capilla mayor.

En aquel momento, algunos miembros de la hermandad se opusieron y otros dijeron que lo hiciese, pero sin prestarle ayuda.

[58]​ En 1666 Mañara mandó a vender en América varios objetos suyos valiosos, entre los cuales había una sortija de oro con nueve diamantes, y logró sacar unos 3000 pesos, que donó la Caridad.

Con ellos pudieron comprar el almacén y compraron cuatro camas especiales para aquellos pobres enfermos que tenían que quedarse en el hospicio hasta ser trasladados a algún hospital.

En 1669 los hermanos solicitaron a Mañara que buscase fondos para terminar esta iglesia.

[63]​ La labor escultórica fue realizada por Bernardo Simón de Pineda y Pedro Roldán.

[64]​ Mañara estimó necesario la construcción de una enfermería, así como una cocina en la que guisar a los pobres, un guardarropa y oficinas.

El obispo de Cuzco, Manuel Mollinedo y Angulo, que también se encontraba en la ciudad de camino a América y que había visitado la Caridad, le aconsejó al capitán que donase dinero a esta obra y este dejó un legado con esa cantidad.

Las obras comenzaron inmediatamente y, en septiembre de 1677, se terminó la segunda enfermería.

[80]​ Habla de la confusión en el lenguaje, que engaña y desconcierta a los no avisados:[81]​ También expresa su indignación por los hipócritas, que aparentan ser virtuosos y tapan sus malas acciones.

También padeció una convulsión nerviosa en la boca y dolores extremadamente fuertes, de los que nunca se quejaba.

[84]​ Por esta época mantuvo una conversación con el arzobispo Ambrosio Ignacio Spínola y Guzmán, que era amigo suyo, mientras repartía limosnas en la puerta del palacio arzobispal.

La enfermedad empeoró y el arzobispo le visitó un par de veces.

[90]​ El 19 de mayo comenzó un novenario en su memoria, con la participación por turnos del clero sevillano.

[98]​ Louis-Antoine Tenant de Latour estuvo en Sevilla en 1848 y escribió Études sur l'Espagne et l'Andalousie en 1855, donde indica que don Juan Tenorio y Miguel Mañara son personas diferentes.

[106]​ Cárdenas alentó que la Hermandad de la Caridad iniciase el periodo informativo diocesano para la canonización.

En 1776 se enviaron los escritos de Mañara a Roma para garantizar su ortodoxia.

En 1777 se interrogó a ocho clérigos españoles en Roma sobre la vida, las virtudes y los milagros de Mañara.

En 1802, gracias a gestiones con Carlos IV, se logra levantar la suspensión de la causa, pero el proceso no continuó.