Contiene un pequeño sahn (patio) donde se plantaron un nogal y varios árboles más.[6]: 34–39 [9][10] La mezquita no volvió a modificarse hasta principios del siglo XIII, durante el período almohade.[6] Muhámmad an-Násir (gobernó 1199-1213), el cuarto califa almohade, se interesó por Fez más que sus predecesores, en particular mediante fortificación de la ciudad.[4][6]: 21 El erudito Georges Marçais elogió la arquitectura como obra maestra de la estilo arquitectónico marroquí.Una vez más, en lugar de sustituirlo por completo, los almohades optaron por restaurarlo y reutilizarlo.[6]: 11 En esta época se restauró gran parte de la estructura, incluidos sus pilares y techos.[6]<: 11–12 Aunque no se menciona en las fuentes históricas, Terrasse cree que la puerta oriental de la mezquita, cerca del alminar, probablemente se construyó o decoró en el XIV, quizá también bajo el mandato de Abu Thabit.Al parecer, uno de los últimos sultanes benimerines, Abu Said Uthman III, fundó en 1415 (816 AH.)un gran almacén en la parte trasera de la mezquita, con una inscripción en letra cursiva sobre las puertas dobles.[12][13][14] La mezquita ha sido restaurada en numerosas ocasiones a lo largo de los años, lo que le ha permitido conservar su forma.[4][3] Mulay Ismaíl (gobernante entre 1672 y 1727) renovó la fuente benimerín del patio, donde aún se puede ver su nombre.La decoración de estuco tallado del mihrab también se rehizo en época reciente y no es anterior al siglo XVIII.[6]: 12–13 Entre las restauraciones más modernas, el erudito francés Henri Terrasse, que trabajó en varios monumentos durante el periodo del Protectorado francés (1912-1956), realizó un estudio completo de la mezquita y su minbar, que se publicó en 1942.
Vista actual del panorama de la mezquita; además del alminar (izquierda), la puerta monumental de la mezquita es visible desde lejos debido a su altura.
