Sin embargo, retornó a la actividad al año siguiente y, tras unos pocos partidos en el Lyn noruego y en Fénix, de la cuarta división argentina, volvió a River Plate.
Está casado con Luciana García Pena, con la que tiene tres hijas: Sofía, Azul y Serena.
[1] Empezó su carrera con el River Plate como suplente de Leonardo Astrada.
[2] En la década de los 90 los triunfos que acumuló el club se debieron en parte a su trabajo como mediocampista, y a la labor de sus compañeros de equipo: Enzo Francescoli, Hernán Crespo, Juan Pablo Sorín, Ángel David Comizzo, Julio Cruz, Ariel Ortega, Marcelo Salas, Leonardo Astrada y Marcelo Gallardo entre muchos otros.
Ramón Díaz lo colocó como volante por derecha, puesto no muy familiar para Matías, pero que con el correr del tiempo, se adaptó inmediatamente a ese rol a pesar de su juventud, convirtiéndose en uno de los pilares del equipo.
Jugó una sola temporada a un bajo nivel y de allí fue traspasado al S.S.
En dicha institución Almeyda se consagró como el mejor futbolista del campeonato,[8] y realizó un aporte decisivo para la obtención de diversos trofeos, destacándose el tan ansiado Scudetto en la temporada 1999/00; segundo y último campeonato ganado hasta aquí por la Lazio en su historia.
[9] Fue un ídolo de la afición y la veneración hacia su entrega se proclamaba de manera explícita: la hinchada Tifosi exaltaba su amor en banderas que decían «Undici Almeyda» (Once Almeydas),[10][11] en referencia al empuje y la gran personalidad con la que Matías pisaba el campo de juego.
Compartió durante ese período la camiseta con compatriotas como Diego Simeone, José Chamot y Juan Sebastián Verón.
Permaneció dos años y ganó una Copa Italia, para cerrar luego este primer ciclo europeo con otras dos temporadas en el Inter de Milán, lapso en el que sufrió una lesión importante en tibia y peroné de su pierna derecha.
En 2005 el jugador anunció su retiro luego de rechazar volver a jugar en River Plate, aunque siguió jugando en el equipo de showbol junto a Diego Armando Maradona, Sergio Goycochea y otras exfiguras del seleccionado argentino.
Parte a México para dirigir al popular Club Deportivo Guadalajara, equipo conocido como las Chivas.
[21] Esto le permite iniciar una relación de cercanía y complicidad con los aficionados.
Fue muy emotivo su primer encuentro con la parcialidad: bajo una intensa lluvia, el Pelado se atrevió a salir del escenario donde era presentado, y mojándose ya que no tenía paraguas, arengó a todos los aficionados que se habían acercado a que sumen su granito de arena por el equipo.
No obstante, el entrenador argentino encontró dificultades para encarrilar a su escuadra.