Tras el apresamiento y confinamiento del presidente García Calderón en Chile, se esforzó por armar a la resistencia.

[1]​ Habiéndose ordenado su captura para remitirlo a Chile, Valcárcel logró huir a Arequipa, donde fue nombrado ministro de Relaciones Exteriores del gobierno del vicepresidente Lizardo Montero (1882).

Durante su gestión ocurrió la sublevación militar en el cuartel de Santa Catalina, que fue reprimida sangrientamente.

[12]​ Reelegido diputado en 1892, esta vez por la provincia de Arequipa, presidió nuevamente su cámara en 1893.

[13]​ Consolidó su hegemonía en el parlamento forjando la alianza del Círculo Parlamentario con el Partido Civil, formando así un nuevo grupo político al que denominó Unión Cívica, que proyectó su candidatura a la presidencia de la República en 1894.

Sobrevino entonces la suspensión de las elecciones y el discutido gobierno del segundo vicepresidente Justiniano Borgoño, que llevó adelante unas amañadas elecciones que dieron el triunfo al general Cáceres.

[15]​ Valcárcel forjó entonces la alianza de su grupo político, la Unión Cívica, con el Partido Demócrata o pierolista, conocida como la Coalición cívico-demócrata, que alentó la revolución contra el gobierno de Cáceres.

[16]​ Buscando apoyo para la revolución, Valcárcel viajó a Iquique, Arica, Tacna y La Paz.