Desde 1595 fue esposa del conde húngaro Segismundo Báthory, Príncipe de Transilvania.
En Kaschau María Cristina cayó enferma con fiebre, lo que retrasó la partida.
El emperador Rodolfo II lo nombró príncipe Segismundo del Sacro Imperio Romano Germánico (Reichsfürst),[2] y también aseguró la posesión de Transilvania, si la pareja permanecía sin descendencia.
Sin embargo, su gobierno era solo nominal, porque el emperador Rodolfo II envió representantes para gobernar.
Cuando Segismundo abdicó por segunda vez en marzo de 1599, María Cristina finalmente lo dejó y regresó a Austria en abril.