Vista su posición en la sucesión de su padre, fue destinado a la carrera eclesiástica obteniendo las canonjías de Passau, Salzburgo, Trento y en Bressanone.

Fue secretario del obispo de Seckau, Jakob I Eberlein.

Carlos pronunció su propio voto en 1615 obteniendo la consagración a obispo en 1619, como era tradición en su familia.

El emperador Rodolfo II (su primo), en 1609, lo invitó a re evangelizar Silesia, donde era fuerte la oposición protestante.

En la actualidad se encuentra sepultado en la novena cámara bajo el epitafio[1]​:WENCESLAVS, ARCHIDUX AUSTRIAE