En 1809, fue designado capellán del convento de las Carmelitas.

[2]​ Rehusó leer una carta pastoral del arzobispo Ramón Casaus y Torres contra Miguel Hidalgo y Costilla; esto provocó su confinamiento en un convento de la ciudad de Guatemala en el 3 de noviembre, y el día 4 de noviembre se supo del arresto en San Salvador, lo que precipitó el alzamiento al siguiente día.

[3]​[4]​ Para inicios de 1813, los salvadoreños organizaron varias manifestaciones reclamando la libertad del religioso.

Una comisión de notables integrada por Manuel José Arce, Juan Manuel Rodríguez, Domingo Antonio de Lara y Manuel Aguilar logró que el intendente José María Peinado los recibiera y escuchara, resultando en la liberación de los alcaldes de barrios que habían participado en el levantamiento.

La comisión logró que un buen número de los alzados despusieran las armas, resultando en críticas de un dirigente del levantamiento, el alcalde ordinario segundo Pedro Pablo Castillo que le dijo a la comisión:[8]​ Durante la madrugada del día siguiente 25 de enero, las milicias reales rompieron las trincheras de los alzados y apresaron a varios dirigentes, incluyendo el mismo Pedro Pablo Castillo.

Luego, la intendencia exigió a los eclesiásticos que en sus sermones hicieran un llamado a la paz, más el padre Aguilar criticó a las autoridades por falta de cumplimiento de la Constitución de 1812; por esto, el intendente Peinado pidió al vicario Nicolás Aguilar que reprendiera a su hermano, pero como no lo hizo fue destituido.