Su historia no fue tan continua como lo fueran las de otras órdenes religiosas.
[1] El río Pensativo ha cambiado de curso aproximadamente cuarenta metros hacia el poniente y ha socavado parte de la última manzana en el lado sur del callejón que va desde las ruinas del convento de La Concepción hacia el puente del Matasanos;[2] pero desde el principio causó problemas a las religiosas: en 1620 se terminó de construir el convento, pero la construcción fue lenta ya que se tuvieron que hacer algunos trabajos adicionales, tales como la construcción del arco de las Monjas, sobre el río Pensativo y un dique para evitar la corrientes y crecidas del río que invadían las calles y el convento.
De acuerdo con el monje viajero y cronista inglés Thomas Gage que visitó Santiago muchos años después, la iglesia del convento tenía una valiosa colección de arte.
[1] A mediados del siglo xvii el sacerdote viaje inglés Thomas Gage O.P.
[6] La jerarquía del convento estaba constituida por una abadesa, una vicaria y cuatro monjas definidoras;[7] la abadesa concepcionista estaba encargada de reportar periódicamente las actividades del convento al obispo, y de solicitar permisos a éste.[8].