El gobierno mexicano reconoce tres lenguas mixe-zoqueanas diferentes, que son el mixe, el zoque y el "popoluca" (aunque realmente el término "popoluca" se refiere a lenguas diferentes, a pesar de la similitud en el nombre).
Por su parte Wichmann (1995), en su clasificación más reciente, distingue doce lenguas y once dialectos.
Históricamente, la familia mixe-zoqueana tuvo una mayor difusión, alcanzando la costa del Pacífico guatemalteco.
Por su lado, Terrence Kaufman y John Justeson, en últimos tiempos han dicho que completaron el desciframiento de la escritura epi-olmeca, correspondiente a alguna lengua mixe-zoqueana.
Kaufman señala que las características atribuidas al mixe-zoque son en realidad comunes a varias lenguas mesoamericanas y tienen amplia difusión en la zona.
El inventario fonémico del mixe-zoqueano reconstruido por Wichmann (1995) puede parecer relativamente simple.
La siguiente tabla da el inventario reconstruido: En cuanto a las vocales el inventario es: Además las lenguas mixe-zoqueanas se caracterizan por núcleos silábicos complejos, formados por combinaciones de vocales y la oclusiva glotal y /h/ en proto-mixezoqueano.