En la segunda guerra carlista se trasladaron a Santander, donde falleció su madre, quedando los hermanos al cuidado de su tía Rafaela Ybarra.
Entusiasta del volapük, llega a escribir un libro titulado Konils Volapükik o Cuentos Volapukistas.
Su gran pasión fue la de euskeráfilo (siguiéndose lo que señala al respecto José Antonio Arana).
Según Julio Urquijo explicó, él leía y entendía la lengua vasca, pero no la hablaba.
Se redujo luego su interés por el euskera, retomándolo en 1905, al intentar corregir errores del catálogo de Julien Vinson.
Especial relevancia tuvo su amistad con el profesor vienés Hugo Schuchardt (1842-1927), reconvertido de la tesis vasco-berebere a unas posturas cercanas al vasco-iberismo.
Al año siguiente, en 1919, junto a Azkue, Campión y Eleizalde funda Euskaltzaindia-Real Academia de la Lengua Vasca.
Su discurso de ingreso versó sobre las relaciones, supuestas o reales, del euskera con las otras lenguas.
Tras la contienda, Urquijo, cuyo hermano José María y cinco parientes cercanos habían perecido de forma violenta, llevó una vida mucho más retirada.