Hijo del magistrado de Graz y emparentado, por parte de madre, con el célebre poeta suizo Philippe Cyriaque Bridel (el "doyen" Bridel), Hugo Schuchardt empezó sus estudios en Filología Clásica y Románica en Jena con August Schleicher, continuándolos desde 1861 en Bonn con Friedrich Diez, doctorándose en 1864 con la tesis "De sermonis Romani plebei vocalibus", obra que se publicó revisada y ampliada en 1866 con el título alemán "Der Vokalismus des Vulgärlateins".
Schuchardt no se limitó al estudio de las lenguas románicas, sino que se dedicó a la investigación de otras familias lingüísticas, especialmente de la lengua vasca y de las lenguas criollas (aspecto en el que destacan sus investigaciones sobre el "eslavo-alemán", el "eslavo-italiano" y la influencia del rumano sobre el albanés y del romance sobre las lenguas célticas.
Sus estudios se desarrollaron en un primer momento siguiendo la tradición de los estudios de lingüística comparativa de las lenguas románicas que había introducido en Bonn Friedrich Diez, sin embargo, desde muy pronto se mostró contrario a la mera aplicación de las leyes fonéticas desarrolladas por los neogramáticos, que consideraba demasiado rígidas.
Schuchardt ha sido una figura influyente en los estudios lingüísticos en España.
Schuchardt se convirtió en una autoridad de referencia en el estudio sobre la formación de la lengua vasca y su evolución fonética, materia en la que hizo contribuciones fundamentales, por más que sus intentos por emparentar el vasco con otras familias lingüísticas (especialmente la afroasiática o camítica, resultaron infructuosos.