En 1853 Giner se trasladó a Granada, en cuya Universidad llegaría a sacar la licenciatura de Derecho y el bachillerato de Filosofía y Letras.

En ese periodo y en colaboración con Alfredo Calderón, se publican Prolegómenos del derecho.

[d]​[8]​ En esa primavera, los profesores confinados engendraron la posibilidad de una Universidad libre.

Giner conoció al meteorólogo Augusto Arcimís, al geólogo José Macpherson y Hemas y a Alejandro Sanmartín, entre otros intelectuales que luego se comprometieron con la Institución Libre de Enseñanza.

Con el apoyo ahora del aparato gubernamental, la Institución Libre de Enseñanza afianzó su estructura como modelo de calidad y adquirió renombre nacional y proyección internacional.

Calificada como "memorable excursión" en los anales de la Academia de la Historia, tuvo entre los participantes adultos a personajes como Julián Besteiro, José Garay, Jerónimo Vida, Raimundo Martínez Vaca, Jorge Arellano, Darío Cordero, Alejandro y Eduardo Chao y Pedro Blanco López.

[9]​ Entre 1884 y 1885 el maestro tuvo que someterse a una delicada intervención quirúrgica.

También escasas son las fotografías de Giner, pues según Jiménez-Landi, el maestro "aborrecía que le hiciesen retratos".

La instantánea suya más conocida quizá sea la que le hizo (para adjuntarla en el carné de un billete kilométrico) su discípulo Valentín Sama, hijo de Joaquín Sama.

Quería crear hombres íntegros, cultos y capaces, sobre la base de la idea de que los cambios los producen los hombres y las ideas, no las rebeliones ni las guerras".

Este proceso de educación no debe terminar nunca, no debe limitarse a conseguir una meta y que cuando se consiga esa meta, se acabe.

El educador lo estudia desde dos perspectivas: la función y la formación, sobre todo a la segunda.

En la práctica, cada alumno tenía un cuaderno (y no un libro académico) con el que trabajaba.

Las excursiones eran frecuentes, a museos de todo tipo, a fábricas, al campo, etc.[23]​ La Universidad debería ser el grado más alto o la educación más superior en todos los aspectos; luego para este autor, debe tener un carácter general y a la vez, profesional.

Por ello, según la vocación de cada una, se especializan en una cosa u otra.

Entonces, existe una división entre dos “tipos” de universidades: – Científicas (como la alemana): la finalidad es únicamente la investigación.

A esto se le añade la existencia de una división en facultades.

Allí tan solo estaban creadas las siguientes: Teología, Medicina, Derecho y Filosofía.

Tienen un número obligado de ciertas lecciones u horas a enseñar, que podían ampliarse indefinidamente, y poseían cátedras fijas.

Asimismo, hay antologías más ligeras, como: El arte y las letras, y otros ensayos (edición de Ignacio Sotelo, Sevilla, Fundación José Manuel Lara, 2007).