La dictadura franquista la convirtió en su bestia negra en materia de enseñanza.

A partir de 1881 empezaron a enseñar en la ILE profesores formados en ella: Manuel Bartolomé Cossío, que sucedió a Giner al frente de la Institución,[4]​ Ricardo Rubio, Pedro Blanco Suárez, Ángel do Rego, José Ontañón Arias, Pedro Jiménez-Landi, entre otros muchos que consolidaron el proyecto y aseguraron su futuro (desbaratado por la Guerra Civil en 1936 y aniquilado posteriormente).

Algunos de ellos estuvieron íntimamente vinculadas con la Institución, como Julián Sanz del Río, Antonio Machado Álvarez y sus hijos Antonio Machado y Manuel Machado, Julio Rey Pastor, Constancio Bernaldo de Quirós, Luis Simarro, Nicolás Achúcarro, Francisco Barnés Salinas o la portuguesa Alice Pestana.

Inicialmente se intentó instalar la sede de la Institución en el solar del paseo de la Castellana que hoy ocupa la Escuela Superior del Ejército, y se abandonó la idea por los fundadores.

[16]​ En 1940 el gobierno franquista dictó su incautación, quedando adscrito el conjunto al Ministerio de Educación Nacional.

Desde 1955 sus locales se utilizaron como sede del Servicio de Alimentación Escolar.

Tras la Transición y aun habiendo sido devueltas parte de las propiedades a la reconstituida Institución Libre de Enseñanza en 1978, se instaló en el edificio principal el "Colegio Nacional Eduardo Marquina" (1980-1985).

Alumno de la Residencia de Estudiantes de Madrid, al regresar a Galicia puso en marcha el que sería considerado el segundo colegio mixto que se abrió en la España durante el franquismo, y en cuyo espacio trabajaron Ricardo Carballo Calero, su primer director, y alumnos destacables como Xosé Luis Méndez Ferrín, Bernardino Graña o Luis Gómez Pacios.

[23]​[24]​ Otra institución educativa que, vinculada a la Fundación Giner, continúa impartiendo el modelo pedagógico de la ILE, aunque con ciertas variantes, es el Colegio Estudio, fundado en 1940 por Jimena Menéndez Pidal, Ángeles Gasset y Carmen García del Diestro.