En principio, toda diferencia entre dos lenguajes relacionados debería ser explicable con un alto grado de plausibilidad; se espera que los cambios sistemáticos, por ejemplo en los sistemas fonológicos o morfológicos, sean muy regulares (consistentes).
[2] En particular, intentar relacionar dos protolenguajes reconstruidos mediante el método comparativo no ha producido generalmente resultados que hayan tenido una amplia aceptación.
El método tampoco ha sido muy bueno para identificar inequívocamente subfamilias; así, diferentes eruditos han producido resultados contradictorios, por ejemplo, en indoeuropeo.
Se han desarrollado varios métodos basados en el análisis estadístico del vocabulario para intentar superar esta limitación, como lexicoestadística y comparación masiva.
Utiliza una lista corta de palabras del vocabulario básico en los distintos idiomas para realizar comparaciones.
En su forma más simple, se asume una tasa de cambio constante, aunque las versiones posteriores permiten la variación pero aún no logran mucha fiabilidad.
Muchos consideran que estos son prometedores, pero los tradicionalistas no los aceptan del todo.
Estos enfoques han sido cuestionados por sus problemas metodológicos, ya que sin una reconstrucción o al menos una lista detallada de correspondencias fonológicas no puede haber demostración de que dos palabras en diferentes idiomas sean afines.
En primer lugar, el método aplicado no está bien definido: el criterio de similitud es subjetivo y, por lo tanto, no está sujeto a verificación o falsificación, lo que es contrario a los principios del método científico.
A veces hay razones políticas o religiosas para asociar idiomas de formas que algunos lingüistas disputarían.
Y la arqueóloga lituana-estadounidense Marija Gimbutas argumentó a mediados del siglo XX que el vasco está claramente relacionado con el extinto picto y lenguas etruscas, en un intento de mostrar que el euskera era un vestigio de una "antigua cultura europea".
El médico neerlandés Johannes Goropius Becanus, en su Origines Antverpiana (1580) admite Quis est enim qui non amet patrium sermonem ("¿Quién no ama el idioma de sus padres?
Pero también se dijo que la lengua bantú está relacionada con la antigua egipcia, según Mubabinge Bilolo.
Así como el egipcio está relacionado con el brabante, siguiendo a Becanus en su Hieroglyphica, todavía usando métodos comparativos.