[2]​ La idea de realizar en el país unos Juegos Deportivos Nacionales se planteó por primera vez en 1972 por el político y dirigente deportivo William Corrales Araya, quien sugirió que se debía crear una competencia entre jóvenes deportistas costarricenses para su preparación en diferentes disciplinas, inspirado en los Jugend trainiert für Olympia (Juventud Entrenando para la Olimpiada), unos juegos llevados a cabo en Alemania Occidental entre jóvenes estudiantes de los diferentes estados de ese país.

[5]​ Desde entonces, los Juegos Deportivos Nacionales se han celebrado cada año, a excepción de algunos casos.

[8]​ Hasta 2001, la organización de los Juegos Deportivos Nacionales era responsabilidad de organizaciones y asociaciones locales que, en coordinación con los Comités Cantonales de Deporte y Recreación, se conformaban para este fin en los diferentes cantones sede del país año tras año.

Por estas razones, el Instituto Costarricense del Deporte y la Recreación (ICODER) asumió la organización de los Juegos Deportivos Nacionales de 2001, en San José, hecho que significó un mayor presupuesto para el desarrollo de la competencia y mayor coordinación entre los entes estatales.

[9]​ La edición de 2001 permitió inaugurar en el cantón sede la primera pista sintética para la práctica de atletismo, instalada en el Estadio Nacional, así como disponer de escenarios deportivos gestionados por la institución como el Gimnasio Nacional, la Piscina María del Milagro París y el Estadio Antonio Escarré.

En la edición de 2008, en Heredia, debutaron como deportes oficiales dos disciplinas de contacto: el karate y taekwondo, así como regresó el judo, con lo que se llegó a 18 deportes en el programa.

[12]​ La organización de los Juegos Deportivos Nacionales comprende una tarea conjunta entre el Instituto Costarricense del Deporte y la Recreación (ICODER), federaciones deportivas nacionales, comités cantonales, atletas, jueces y cualquier otra persona e institución que intervenga en el proceso.

Actualmente, el programa incluye 16 disciplinas deportivas individuales y 7 de conjunto.

Una vez aprobada la disciplina y su programa, la federación o asociación nacional deberá organizar y desarrollar las competencias clasificatorias de deportes individuales, así como deberá coordinar con los diferentes Comités Cantonales de Deporte y Recreación del país las clasificatorias para los deportes en conjunto.