Fue durante este período que se formaron varias facciones, tales como los fariseos, saduceos, esenios, zelotes y jesuanos.En 200 a. C., Israel y Judea fueron conquistados por los seléucidas, los descendientes de otro general griego que gobernaba Siria.Alrededor del 167 a. C., por razones que siguen siendo oscuras, el rey seléucida Antíoco IV Epífanes intentó suprimir el culto judío; esto provocó una revuelta judía (la revuelta macabea) que finalmente condujo al fin efectivo del control griego sobre Jerusalén.[23][24] En las últimas décadas, el consenso entre los eruditos bíblicos es considerar que gran parte de la Biblia hebrea fue reunida, revisada y editada en el siglo V a. C., para reflejar las realidades y desafíos de la era persa.[25][14] Los retornados tenían un interés particular en la historia de Israel: la Torá escrita (los libros de Génesis, Éxodo, Levítico, Números y Deuteronomio), por ejemplo, puede haber existido en varias formas durante la Monarquía (el período de los reinos de Israel y Judá) pero, siguiendo la hipótesis documentaria, fue durante el período del Segundo Templo cuando se editó y revisó en algo parecido a su forma actual; y las Crónicas, una historia escrita nueva en este momento, refleja las preocupaciones del Yehud persa en su enfoque casi exclusivo en Judá y el Templo.[25] En el período helenístico, las Escrituras fueron traducidas al griego por los judíos de la diáspora egipcia, quienes también produjeron una rica literatura propia que abarcaba poesía épica, filosofía, tragedia y otras formas.[28][29] En las primeras etapas del período persa, los retornados insistieron en una separación estricta entre ellos («Israel») y los judíos que nunca habían ido al exilio («cananeos»), hasta el punto de prohibir los matrimonios mixtos; esto se presentó en términos de pureza religiosa, pero pudo existir una preocupación práctica por la propiedad de la tierra.Si bien la Torá escrita (el Pentateuco) y los Profetas fueron aceptados como autoritativos en el siglo I, más allá de este núcleo, los diferentes grupos judíos continuaron aceptando diferentes grupos de libros como autoritativos.[34] El sacerdocio bajo el Sumo Sacerdote (una posición en gran parte desconocida en épocas anteriores) se convirtió en la autoridad gobernante, convirtiendo a la provincia de Yehud en cierto sentido en una teocracia, aunque parece poco probable que tuviera más autonomía de la típica del Imperio persa como un todo.[35] Tanto Herodes como los romanos redujeron severamente la importancia del cargo, nombrando y destituyendo a los sumos sacerdotes para satisfacer sus propósitos.[36] Existió una fuerte ruptura entre la antigua religión israelita y el judaísmo del Segundo Templo.Los primeros en mencionar esto fueron Hageo y Zacarías, ambos profetas del período persa temprano.Sostuvieron que las Escrituras judías eran autoritativas y sagradas, empleando sobre todo las traducciones como la Septuaginta o los Tárgum, y adicionaron otros textos para formar el canon del Nuevo Testamento.El polemista anticristiano Celso criticó a los cristianos por abandonar su herencia judía mientras afirmaban conservarla.
