Más tarde se formó musicalmente en Zaragoza, donde estudió órgano con Joaquín Ignacio de Nebra en La Seo y composición con el maestro Luis Serra en El Pilar.
[1][3][4] Hacia 1760 se trasladó a Madrid para ocupar el magisterio del Real Oratorio de San Felipe Neri.
Durante su tiempo en la Capilla Real fue ascendiendo, pasando a tercer organista en 1775 tras el fallecimiento de José Moreno Polo; posteriormente a organista segundo en 1787 tras morir Miguel Rabaza.
Raimundo se dedicó a la carrera militar y participó en la independencia de Chile.
Juan de Sesé y Balaguer se casó por segunda vez con María Antonia de la Hera o Lera, con la que tuvo una hija, Manuela.