Casó en primeras nupcias en Tournai, Bélgica, con Margarita Vatecant (Tournai - Cartago, Costa Rica, 1670), hija de Gabriel de Vatecant y Marguerite Leblond.

En abril de 1666 le correspondió hacer frente a la invasión dirigida por los piratas Eduard Mansvelt y Henry Morgan, que llegaron a la costa caribeña con 700 hombres en 38 embarcaciones y avanzaron hacia el interior, hasta la población de Turrialba.

En el paraje denominado Quebrada Honda se enfrentaron con una pequeña fuerza dirigida por Alonso de Bonilla y Chacón, después de lo cual emprendieron súbitamente el regreso a la costa y se reembarcaron.

Esta inexplicable retirada fue atribuida por el propio Bonilla a una intervención celestial; más tarde se atribuyó a un milagro de la Virgen de Ujarrás.

En Cartago de Costa Rica permaneció su hijo don Pedro José López de la Flor y Vatecant, él solamente tuvo hijas, sus descendientes se encuentran con diversos apellidos.