En 1659 se le nombró para una plaza de oidor en la Real Audiencia de Manila, pero declinó el cargo.

Debido a las investigaciones en su contra, fue expulsado de Guatemala y se trasladó a México.

Dirigió varias comunicaciones al Consejo de Indias para defense de los cargos y finalmente en 1684, cuando se hallaba en Oaxaca, fue nombrado nuevamente como oidor de la Real Audiencia de Guatemala, cargo que reasumió en noviembre de ese año.

En 1694 se le nombró como oidor de la Audiencia de México, pero el nombramiento llegó a esa ciudad cuando ya el doctor Novoa Salgado había fallecido.

Se trasladó a esa provincia, donde además de residenciar a López de la Flor, se interesó junto con el gobernador Juan Francisco Sáenz Vázquez de Quintanilla por unos yacimientos mineros, que no resultaron rentables, y especialmente por la situación de los indígenas.