Su familia paterna remontaba su origen a Lope Sáenz, que en el siglo XV era vecino del lugar de Quintanilla-Montecabezas en las montañas de Burgos.

Su antepasado materno Francisco Sendín había sido montero del emperador Carlos V.

En el combate de Montjuich y el fallido intento de tomar Barcelona, fue quien retiró del campo, malherido, al comisario Filangieri, quien murió esa misma noche.

Después Sáenz fue ascendido a alférez, se incorporó a la compañía de caballos corazas (coraceros) del capitán Jerónimo Álvarez y participó en la defensa de Tarragona contra los franceses.

Estas ordenanzas fueron aprobadas en 1676 por el rey Carlos II.

Le correspondió hacer frente en 1676 a la mayor invasión pirata sufrida por Costa Rica, dirigida por el capitán inglés William Wright, corsario con patente del gobernador francés de Saint Domingue (Haití), en momentos en que Francia y España se hallaban en guerra.

Avanzaron por la playa de Moín hasta llegar a la boca del río Matina, que remontaron, y al amanecer del 1 de julio se apoderaron de toda su cuenca, donde existían numerosas haciendas cacaoteras.

Los sobrevivientes abandonaron Matina a toda velocidad, abordaron sus naves y levaron anclas.

Sin embargo, Loyola se excusó en setiembre de 1677, alegando sus responsabilidades defensivas en Nicaragua.

En diciembre de 1677 la Audiencia aceptó la excusa y Escobedo designó a don Lorenzo Ramírez de Guzmán para viajar a Costa Rica y efectuar la investigación.

Si bien al principio Ramírez de Guzmán se manifestó dispuesto a aceptar el encargo, después quiso excusarse.

Los invasores saquearon el valle, destruyeron lo que pudieron y apresaron a muchas personas.

El teniente Bonilla logró capturar a un francés.

Después de permanecer algún tiempo en Costa Rica, al parecer con la esperanza de ser nombrado nuevamente gobernador, decidió viajar a España, sin duda a solicitar algún destino.

Su esposa y sus hijos de segundo matrimonio permanecieron en Costa Rica.

Es uno de los gobernadores españoles de los que hay mayor descendencia en Costa Rica, extendida a todo el país y en muy variados grupos sociales.

Entre sus numerosos descendientes figuran varios presidentes de Costa Rica y Nicaragua, y la primera esposa del presidente mexicano Enrique Peña Nieto, Mónica Pretellini Sáenz.

El gobernador don Juan Francisco Sáenz y su descendencia, San José, ISOLMA, S. A:, 1a.