No contrajo matrimonio, pero en México tuvo una hija llamada Isabel de Agurto y Toledo.
Esperaba ser nombrado en propiedad, pero mientras preparaba su viaje a Santiago de Guatemala llegó a México la noticia de que se había nombrado como tal a don Enrique Enríquez de Guzmán y no le quedó más que partir hacia su destino a sabiendas de que pronto llegaría su sucesor.
En esos momentos se encontraba en Santiago de Guatemala el expresidente don Fernando Francisco de Escobedo, por lo que por única vez en la historia del reino estuvieron tres presidentes juntos.
Ambos cumplieron con el encargo, pero la fortificación no se llevó a cabo.
Ocho días después de entregar el mando a su sucesor, y encontrándose enfermo y achacoso, emprendió el regreso a la Ciudad de México.