Hijos de este matrimonio fueron María, casada en Cartago en 1664 con el capitán Manuel Pérez; sin sucesión; Bartolomé, sargento mayor, casado en Cartago con Sebastiana de Alvarado y Vera Sotomayor, sin sucesión; Rodrigo Gabriel (Rodrigo Arias Maldonado y Góngora), marqués de Talamanca, fraile betlemita con el nombre de fray Rodrigo de la Cruz; y Melchora Francisca, casada en Marbella con Nicolás Sobreda y Sotomayor.
Varias veces sufrió en combate heridas de consideración.
El 12 de mayo de 1659 salió de Cartago en busca de un buen puerto en el Caribe; reconoció la boca del Desaguadero o río San Juan y después recorrió la costa hacia el sudeste hasta llegar a un puerto que tradicionalmente se ha identificado con el de Limón, aunque podría haberse tratado también del llamado hoy Puerto Viejo.
En 1660, por orden del Rey, fue nuevamente a la desembocadura del San Juan, junto con el gobernador de Nicaragua José Portal, para ver si se podría fortificar, pero concluyeron que la fortificación era imposible.
Durante su gobierno se extinguieron (1660) los corregimientos de Chirripó, Pacaca, Quepo y Turrialba así como la alcaldía mayor de Suerre, cuyos territorios se agregaron a la gobernación de Costa Rica.