En 1666, durante el gobierno del maestre de campo don Juan López de la Flor y Reinoso, desembarcó en la costa caribeña de Costa Rica una nutrida expedición pirata, encabezada por el neerlandés Eduard Mansvelt y el inglés Henry Morgan.

Los invasores avanzaron hacia el interior, se apoderaron del pueblo de Turrialba y se prepararon para atacar la ciudad de Cartago.

Aunque sus fuerzas eran muy inferiores a las de los piratas, Bonilla se preparó para enfrentarlos.

La sorpresa de los piratas fue mayúsucula y, quizá pensando que los atacaba una fuerrza muy superior, emprendieron súbidamente el regreso a la costa y se reembarcaron.

Esta inexplicable retirada fue atribuida por el propio Bonilla a una intervención celestial; más tarde se atribuyó a un milagro de la Virgen de Ujarrás.