Desde su licenciatura ha trabajado para la Agencia Estatal de Administración Tributaria en la que ha ocupado diversos cargos.
Es licenciado en Economía, Ciencias empresariales y Derecho por la Universidad de Valencia.
En esta época comenzó ejerciendo como administrador en diferentes oficinas de la Agencia Estatal de Administración Tributaria (A.E.A.T.)
El día 7 de diciembre de 2012 fue nombrado por el presidente de la Generalidad Valenciana Alberto Fabra, como consejero de Hacienda y Administración pública, en sucesión de José Manuel Vela Bargues que dimitió una semana antes y cuyo cargo quedó interinamente ocupado hasta nuevo nombramiento por el entonces vicepresidente José Císcar.
Sin embargo en estas elecciones tras cambiar de gobierno mediante una coalición dada entre el PSPV-PSOE y Coalició Compromís, presidido por Ximo Puig y Mónica Oltra, Juan Carlos Moragues fue sucedido como consejero por Vicent Soler i Marco (Hacienda) y Gabriela Bravo (Administración pública).