En 1870, presentó una tesis en que se ocupa de la yerba del zorrillo.
Su labor en esa corporación, principalmente en la época en que dirigió las labores el doctor Eduardo Liceaga, comprendió en buena parte todos los servicios correspondientes a la salubridad pública, muchos de carácter toxicológico y otros de orden administrativo y reglamentario.
En 1889, en compañía del doctor Ángel Gaviño, siguió cursos en el Instituto Pasteur, especialmente con el doctor Émile Roux, quien conservó especial afecto para el profesor Morales, a juzgar por la especial invitación que le hizo para asistir a las bodas de plata del instituto, figurando éste entre los invitados a la ceremonia, presidida por el presidente de la República Francesa, como uno de los antiguos discípulos del Instituto.
Ese mismo año de 1889, fue asiduo asistente al laboratorio del profesor alsaciano del Colegio de Francia, Paul Schützenberger, acompañándole en sus trabajos e investigaciones científicas.
Allí se dedicaban a encontrar principios activos en las diferentes plantas analizadas a fin de utilizar sus propiedades, además de analizar diversas aguas minerales del país.
Su labor científica estuvo señalada en el desempeño de sus diversas funciones.
Representó a México en diferentes congresos internacionales de química, física, higiene, farmacia e hidrología.
Su labor en el profesorado abarcó a dos generaciones enteras de médicos y farmacéuticos.
Es decir, se estima que todos los que en esas profesiones recibieron títulos durante 45 años en la Ciudad de México, fueron en algún momento sus discípulos y por lo tanto le profesaban profunda estimación y respeto.
Sus gestiones en esa corporación municipal fueron siempre en pro de la higiene pública.