En estos años de su estancia en Roma coincidió con destacados humanistas como Paolo Manuzio, el Cardenal Sirleto o Aquiles Estaço, entre otros.
También hay en ella epigramas, epitafios, elegías y yambos satíricos contra el humanista Petrus Ramus; estos poemas tienen varios destinatarios: Felipe II, Luisa Sigea, el citado Petrus Ramus, Petrus Victorius, Actius Syncerus (sobrenombre en la Academia Pontaniana de Jacopo Sannazaro); el humanista Juan de Vilches... epitafios a Hernán Núñez el Pinciano, a Fernando de Arce, a su hermano Andrés Salvador Ruiz, etc.
Le siguen otros poemas, algo menos extensos, en metro dactílico con los siguientes títulos: “De morte Christi lamentatio adversus Hierosolymitanos”, “Panegyris ad Alphonsum Fonsecam Archiepiscopum Toletanum”, “Epicedium Psittaci” y “Epistola ad Ioannem Vilchium Antiquarium Poetam” donde no solo celebra el poema épico Bernardina (1544) de su íntimo amigo el antequerano Juan de Vilches.
Fue también filólogo; preparó algún tiempo una edición de Ennodio, pero la abandonó cuando le robaron sus borradores; se le debe en cambio la citada edición de Venancio Fortunato (Venantii Honorii Clementiani Fortunati... Carminum libri octo.
Nicolai Canyelles, 1574; fue reimpresa algo después: Venantii Honorii Fortunati Clementiani... Carminum lib.