[3] Se estableció como profesor en el pequeño Colegio del Ave María en Le Mans, y retomó sus ideas antiaristotélicas en dos obras de 1543, las Dialecticae partitiones y sus Animadversiones in Dialecticam Aristotelis (Críticas a la dialéctica aristotélica), que fueron condenadas por la facultad de Teología de la Sorbona y disgustaron terriblemente a los académicos, dolidos por la fuerza de los palos que les sacudía, entre los que no era el menos flojo la elegancia y prestigio del sistema copernicano frente al torpe almagesto ptolemaico del Estagirita.
En este cargo se preocupó de introducir algunas mejoras en la enseñanza y prosiguió con su empeño de publicar nuevas gramáticas; si ya había publicado una Grammatica latina (1548) imprimió ahora una Grammatica Graeca (1560) y una Grammaire Française (1562) y en este último año a Carlos IX un plan para reformar la Universidad.
Esto le valió abandonar otra vez la cátedra universitaria y huir de París al año siguiente.
Allí, en Presles, le alcanzó la muerte en la famosa Matanza de San Bartolomé (1572), en la que miles de protestantes franceses fueron cruelmente perseguidos y asesinados por calles, plazas y casas.
En el terreno religioso, ejerció una influencia considerable sobre la Teología del pacto (Covenant Theology) en las iglesias congregacionalistas de Nueva Inglaterra.