Dicha asamblea tenía como objetivo central el de redactar una constitución provisoria y tendría un poder tan extenso «como quieran darle los pueblos».Para su correcto funcionamiento previamente se había aprobado un procedimiento al cual los pueblos debían ajustarse para la elección de sus representantes.La redacción correspondió, sin duda, a Miguel Barreiro, sobrino segundo de Artigas y, por entonces, su más estrecho colaborador.Si bien han sido atribuidas a José Benito Monterroso —también sobrino segundo y secretario de Artigas— o a Dámaso Antonio Larrañaga, ninguno de los dos asistió al Congreso: Larrañaga estaba en Buenos Aires y Monterroso, en Córdoba, realizando sus estudios eclesiásticos.El pensamiento federalista expresado en las Instrucciones fue la causa principal por la cual los diputados orientales (quienes eran: Mateo Vidal, Felipe Cardoso, Marcos Salcedo y Francisco Bruno de Rivarola) fueron rechazados al llegar a Buenos Aires y no se les permitió ingresar a la Asamblea.Está claro que las Instrucciones, por consiguiente, tuvieron un sólido vínculo con el pensamiento liberal de la época en sus versiones más avanzadas.18 El despotismo militar será precisamente aniquilado con trabas constitucionales que aseguren inviolable la soberanía de los pueblos.Los planteamientos propuestos por Artigas en las Instrucciones del año XIII contradecían altamente al ideario político de la dirigencia porteña, que se basaba en principios totalmente distintos.Para esta, incluso en sus elementos más lucidos y honestamente liberales, el Estado debía organizarse según principios de jerarquización política que contemplaran la «natural» división social.El desarrollo solo era posible en esta concepción, si existía una clase dirigente provista de poderes capaces de crear una legislación justa, equilibrada y racional, a la que todos debían someterse para entrar en el sendero del progreso, la cultura y la prosperidad.Esta dirigencia debía, por supuesto, surgir de la clase ilustrada, que en su gran mayoría residía en las ciudades, y particularmente en Buenos Aires.Estos dos idearios políticos altamente antagónicos pronto llevarían a una mayor ruptura entre Artigas y el gobierno de Buenos Aires.Tampoco podía esta, que se consideraba entidad soberana, admitir el reconocimiento de su autoridad condicionada a un pacto.Copias de estas ya circulaban por Santa Fe y, seguramente, por las otras provincias del Litoral, en las que el federalismo se extendía vigorosamente.Luego de esto Artigas envió un oficio al Triunvirato en el que criticaba fuertemente las disposiciones de este, lo que llevó a una mayor ruptura entre el caudillo y el gobierno porteño, y el gobierno bonaerense decidió encarcelar al diputado oriental Felipe Santiago Cardoso por actividades subversivas.