Pasó a Buenos Aires donde alcanzó el grado de teniente coronel urbano y hacia principios de 1810 se sumó al grupo de vecinos que hablaban de independencia de manera más o menos abierta y que incluía también a Agustín José Donado, Nicolás Rodríguez Peña, Manuel Belgrano, Juan José Paso, Francisco Paso, Hipólito Vieytes, Miguel Irigoyen, Domingo French, Manuel Alberti, Juan Florencio Terrada, José Darragueira, Feliciano Chiclana, Juan José Castelli, Antonio Luis Beruti, Juan José Viamonte, Tomás Guido, Buenaventura de Arzac, Francisco Planes, Vicente Dupuy, Francisco Mariano de Orma, fray José Ignacio Grela, fray Juan Manuel Aparicio, entre otros.

Allí se atrevió a preguntar "¿Cuál es el pueblo?"

Fue detenido y desterrado a Santa Fe.

En 1816 se retiró a su estancia en Canelones para dedicarse al trabajo rural.

En la actualidad, el camino Felipe Cardoso en Montevideo y el vertedero municipal usina Felipe Cardoso, ubicado sobre esa misma calle, llevan su nombre.