Como en otros varios pueblos nativos del Litoral argentino, la llegada de los jesuitas implicó un gran cambio en sus sociedades.El jesuita polaco Florián Paucke llegó como misionero a San Javier dejando un estudio extenso y detallado de esta etnia.En 1869 el gobernador Mariano Cabal logró un nuevo corrimiento de la frontera mocoví hacia una línea desde Morteros en Córdoba, Fortín Soledad, laguna La Blanca, San Martín Norte, hasta un poco al norte de San Javier.En los años siguientes el resto del territorio de la actual provincia de Santa Fe quedó bajo control gubernamental, mientras que el Gobierno nacional efectuaba la conquista del Chaco argentino, quedando sometidos completamente los mocovíes al Estado argentino.Aunque fue caracterizada en su época como un "malón", para algunos "este conflicto no debe pensarse como un episodio aislado, sino como parte de un contexto más amplio conformado por la problemática aborigen en el periodo de consolidación del Estado nacional (...) un proceso complejo en el que se ponen en juego aspectos políticos, económicos, sociales y religiosos, vinculándose tanto a una protesta contra las imposiciones del Estado como a un movimiento de tipo milenarista.El número actual de argentinos que se consideran mocovíes difiere según la fuente entre 5000 y 40 000 personas, siendo unos 4500 hablantes del idioma.En la actualidad los problemas sociales continúan; los pueblos originarios retoman los reclamos, cortando rutas ("piquetes").
La bandera del pueblo mocoví fue creada por Roberto Ruiz en el año 2009.
